. 
Suatu malam ketika Spiderman atau Peter Parker (diperankan Tobey Maguire) sedang bersantai di “sarang laba-laba” di atap gedung bersama pacarnya, Mary Jane Watson (Kirsten Dunst), ada satu meteor jatuh ke bumi membawa serta makhluk hidup yang bersifat parasit.
Makhluk tak berbentuk berwarna hitam itu mengeluarkan sifat agresif dari seseorang, termasuk Spiderman, yang dirasuki makhluk itu ketika sedang tidur.
Maka, Peter alias Spiderman kemudian berubah menjadi agresif dan percaya diri, bahkan cenderung jahat dalam menghadapi segala persoalan yang dihadapi, termasuk sembuhnya Harry Osborn (James Franco), sahabat Peter dan sekaligus anak dari musuh besarnya, Green Goblin, yang telah meninggal.
Harry (diakhir film Spiderman 2) mengetahui identitas Spiderman sebenarnya, dan sejak saat itu bertekad untuk menuntut balas kepada Spiderman yang diduga telah membunuh ayahnya.
Selain Harry, Peter juga harus menghadapi Erick Brock (Topher Grace) fotografer “freelance” yang mengincar pekerjaannya di harian The Bulge.
Spiderman juga harus melindungi kota New York dari serbuan penjahat Sand Man (Manusia Pasir), Flint Marko (Thomas Haden Church), yang dapat berubah bentuk menjadi raksasa, seperti Hulk dari pasir, tapi kuat dan tidak dapat dihancurkan lantaran dapat kembali membentuk dirinya.
Dan, seakan-akan komplikasi itu tidak cukup, sang jagoan Spiderman juga harus menghadapi masalah yang timbul dari hubungan cintanya, ketika karir Mary Jane sebagai pemain teater hancur dan membutuhkan perhatian Peter Parker maupun sosoknya sebagai Spiderman.
Sementara itu, Spiderman yang sedang dirasuki mahkluk angkasa luar yang membuatnya jadi agresif serta kesibukannya mengejar Sand Man, yang ternyata membunuh pamannya Ben (Cliff Robertson), membuatnya tidak punya waktu untuk Mary Jane yang sedang merajuk mencari perhatian.
Sisi gelap sang Spiderman itu ditampilkan dengan berubahnya kostum laba-laba merah biru menjadi hitam setelah makhluk dari angkasa luar itu merasukinya.
Ragam peristiwa yang mengelilingi Spiderman itu mungkin terlihat berlebihan, seakan-akan semua hal di sekeliling Spiderman mencari masalah, namun para penulis naskah berhasil membuatnya saling terkait secara apik dan tidak terlalu mencolok, meskipun memang terlihat klise.
